Prodi D-III Farmasi Poltekkes Kemenkes Kupang memiliki 8 (delapan) ruang kuliah yang telah dilengkapi fasilitas pendukung seperti Smart TV, LCD Projector dan koneksi internet yang tersedia 24 jam, serta 7 (tujuh) laboratorium yang telah dilengkapi dengan peralatan dan bahan laboratorium serta sarana penunjang yang memadai guna mendukung aktivitas praktikum maupun penelitian. Ruang laboratorium yang dimiliki yaitu:
- Laboratrium Farmakognosi
- Laboratorium Farmasetika
- Laboratorium Farmasi Komunitas
- Laboratorium Instrumen
- Laboratorium Kimia
- Laboratorium Mikrobiologi
- Laboratorium Teknologi Sediaan Farmasi
Prodi D-III Farmasi Poltekkes Kemenkes Kupang juga dilengkapi dengan laboratorium Produksi Usaha Mikro Obat Tradisional (UMOT). Selain ruang kelas dan laboratorium, terdapat juga ruang publik seperti student corner dan ruang baca yang nyaman, serta asrama bagi mahasiswa.
